中國水產門戶網報道近日，中國水產科學研究院生物技術研究中心在國際期刊BMC Genomics（IF=4.4）發表了以許建博士為第一作者，徐鵬和孫效文研究員為通訊作者的研究論文，系統報道了該中心完成的鯉魚高密度SNP分型芯片的研發成果。

    生物技術研究中心近2年來先后完成了鯉魚全基因組測序和圖譜繪制、全球代表性鯉魚品系的基因組重測序和基因組遺傳變異圖譜繪制工作，獲得了超過2000萬個單核苷酸多態性位點（SNP）。在此基礎上，進一步篩選了25萬個高質量的SNP位點，這些多態性位點均勻分布在50條染色體上，平均間隔為6.6 kb，形成了致密的“分子標尺”。隨后，科研人員利用Affymetrix的Axiom基因分型技術平臺設計開發了全球首個鯉魚高密度SNP分型芯片- Carp 250K SNPArray。隨后，科研人員詳細評估了該芯片的可靠性、精確性和各方面的應用價值：首先，采集多個地理種群以及人工選育家系樣本共計1072個樣本（包含松浦鏡鯉、荷包紅鯉、黃河鯉、興國紅鯉、甌江彩鯉、錦鯉等），以及8個近緣物種共80個樣本（包含青、草、鰱、鳙、團頭魴、鯽魚、斑馬魚、雅羅魚），利用該芯片進行首次高通量SNP基因分型。結果表明，在所有鯉魚樣本中，多態性位點達到185150個（74.06%），這在目前已經報道的所有水產動物SNP分型芯片中分型成功率最高；在近緣物種的測試中，可用的多態性位點從53526到71984不等，表明該芯片在鯉科魚類近緣種中同樣具有較高的分型成功率。芯片的分型準確度經評估達到99.8%以上。利用該芯片進行的聚類分析也清晰的將鯉魚各品系以及鯉與其它近緣種區分開來。

    該芯片的成功構建，填補了國際上鯉科魚類高密度SNP分型芯片的空白，也為開展鯉魚和近緣鯉科魚類的基因組選擇育種和全基因組性狀關聯分析等研究奠定了基礎。

    該項研究得到863項目“鯉魚和草魚等重要養殖魚類功能基因組研究及應用”，公益性行業（農業）專項“水產分子育種共性技術研究”和948項目“基于全基因組單核苷酸多態性的水產動物性狀解析技術引進”等項目的資助。