四川省水產種質資源保護區，是指為保護水產種質資源及其生存環境，在四川省境內具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源主要生長繁育區域，依法劃定并予以特殊保護和管理的水域、灘涂等。四川現有39個水產種質資源保護區，其中國家級31個、省級8個。

哪些區域可以被劃定為水產種質資源保護區？《細則》明確了4類區域，分別是國家和省重點保護水生野生動物的主要生長繁育區域；四川省特有或地方特有水產種質資源的主要生長繁育區域；重要水產養殖對象的原種、苗種的主要天然生長繁育區域；其它具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁育區域。

根據主要保護對象資源狀況、自然環境及保護需要，水產種質資源保護區可劃分為核心區和實驗區。重要產卵場、索餌場、越冬場及洄游通道可劃為核心區，其它區域可劃分為實驗區。擬劃保護區左右岸原則上以十年洪水位線為界。

經批準設立的水產種質資源保護區如何管理？《細則》明確，將由所在地縣級以上人民政府漁業行政主管部門管理。主要職責包括制定具體管理制度；設置和維護界碑、標牌及有關保護設施；開展水生生物資源及其生存環境的調查監測、資源養護和生態修復等工作；救護傷病、擱淺、誤捕的保護物種等。

《細則》還對保護區功能分區、命名方式、涉漁環評、馴養繁殖、增殖放流、撤銷調整等作了明確規定。