中國水產門戶網報道在日本對蝦育苗過程的主要疾病有：
（1）細菌性疾病

　　病原有兩類，一類是孤菌，另一類是單胞肝菌和氣單胞肝菌。
病狀：幼體活力明顯下降，游泳不活潑，趨光性弱，腹部弓起，在水中打旋，不攝食，體色變白、久之則死亡。

　　預防：徹底清池，對用水嚴格消毒過濾，合理投餌，合理密度。
　　治療：

    （1）全池潑灑3-5ppm土霉素或2-3ppm氯霉素，一天一次，連潑3天。

　　（2）在幼餌中（如豆漿、蛋黃）中加1g/kg土霉素或氯霉素投喂，連喂三天。

　　（3）用2-3ppm磺胺異噻唑或磺胺噻唑全池潑灑；也可用0.5-1.5ppm呋喃西林、呋喃唑酮、呋喃內斯等全池潑灑，連潑三天。

　　2）真菌病

　　病源：真菌（霉菌），主要有鏈壺菌、離壺菌、海壺菌三種。

　　病狀：致病的卵子及幼體內充滿菌絲，卵子停止發育，很快死亡。幼體不活潑，趨光性減弱，不攝食，下沉死亡。

　　治療：

    （1）全池潑灑0.006×10-6-0.01×10-6孔雀保，一般一次即可。

　　（2）制霉菌素8×10-6-10×10-6全池潑灑,連續1-2次。

　　（3）全池潑灑0.01×10-6氟樂靈。

　　3）緣毛類纖毛蟲病

　　病原：原生蟲物緣毛類纖毛蟲，主要有鐘蟲、聚縮蟲、單縮蟲、累枝蟲等。

　　病狀：游泳遲緩，妨礙攝食，生長減慢，蛻不下殼，最終下沉死亡。

　　防治：早期發現時，迅速更換新水。

　　4）絲狀細菌病

　　病原：以毛霉容發菌為多見。

　　病狀：該菌附著后，使卵子不能繼續發育，幼體活力減弱沉底而死亡。

　　防治：應保持水質清凈。

　　此外育苗期間的病害還很多，諸如，畸形病（刺毛萎縮病），氣泡病、中腸腺壞死病以及中國對蝦桿狀病毒病等等。目前一些病毒尚無良好的治療方法，關鍵是要注意水質，餌料條件的改善，以預防為主。