傳統的大面積水泥池或塑料池戶外微藻培養池，具有造價便宜和運營簡單的優勢，但也有產能有限的缺點，以硅藻為例，高密度的情況下也只能達到300000細胞/mL。除此以外，在很多地方，包括干旱的地區，室外培養池容易受到沙塵的影響，同時，一些小型生物也會對生物安全系統造成威脅，增加了發病的風險。

一個典型的室外遮光藻類培養池，極易被外界環境所污染

　　
　　在沙漠干旱地區的室外培養池，高入射光通量（˃10萬勒克斯）會導致熱沖擊，使藻類細胞白化，生長率下降，生長大小不一致，最終會導致培養系統的崩潰。相比之下，室內垂直管狀微藻培養系統更有效、更可控、更潔凈，但也存在生產成本也高的問題，其中包括生產車間、耗能、培養基滅菌、熟練工人等各方面的成本。

　現在，商業對蝦養殖已經由熱帶和亞熱帶沿海區域發展到內陸甚至沙漠地區，一方面是出于生物安保的考慮，另一方面則是出于運輸成本的考慮。在這種情況下，育苗企業也必須跟進，小型的苗企或者藻類培養企業具有更明顯的成本控制優勢。

改善光照和生產效率

　　以角毛藻為例，具體的操作是，用92%透明率的亞克力缸代替傳統的角毛藻培養池，并在缸中垂直裝入24支40瓦的日光燈，以保證培藻水體中達到300-500勒克斯光合有效輻射。同時，將鹽度降低至25ppt，使用微型制冷器使水溫保持在23°C，這樣有利于提高藻類細胞脂質含量和延長藻類的對數生長期。
　　

     二氧化碳按0.2%的濃度供入培養水體中，這樣用利于提高藻類細胞干蛋白的含量，并使二氧化碳氣體形成8mm的氣泡，這樣有利于氣體能垂直向上溢出，打破水體表面的張力。因硅藻在生長過程中，如果氮含量受限，就會釋放出多糖類代射產物，因此，每隔1天要往水體補充營養鹽，用量按常規用量的50%補充。

　　
　　據天波圖格薩天主教大學著名的微藻培育專家A.P. Carvalho博士說，在微藻培育方面，沒有一套所謂的最好的培育系統，只有與環境最適應的系統，也就是我們說的因地制宜。這個系統的特點就是侵浸式光照、半連續培養、生產成本較低，通過不斷添加培養基，可以讓藻類生長期維持在一個較高的水平，比較適合內陸對蝦育苗企業。