中國水產門戶網報道為防魚粉在貯存過程中發生霉變，需注意''三防''：
 
　　一防返潮魚粉與空氣長時間接觸，尤其是雨天或空氣濕度大時易出現返潮現象。因此，魚粉要貯存在通風干燥的地方，容器要有良好的隔潮性能。一般短時間貯存可用塑料袋密封，長時間貯存需用帶釉的缸、罐加蓋密閉，盡量使魚粉不與空氣接觸。 

　　二防高溫魚粉中含有較豐富的魚油，遇到高溫，容易引起味道變苦，并失去營養價值。所以，盛放魚粉的塑料袋或缸、罐要擺放在蔭涼處，不能讓陽光直射。如果存放處溫度過高，還應采取適當方法降溫。
 
　　三防生蟲魚粉很容易孳生鰹節蟲，消耗魚粉中的養料，降低魚粉的質量。防治的方法是經常保持盛放魚粉的容器及周圍環境的衛生。 

　　魚粉在貯存期間，要經常進行檢查。一旦發生霉變，就不可再繼續使用，以免引起畜禽中毒。