中國水產門戶網報道養殖池中淤泥積累過多，濫施藥物，殘剩飼料過多，都會引起水體污染。生物防治養殖水體污染可從控制養殖用水質量，徹底清淤消毒，推行生態養殖等方面著手。

　　1、控制水質。控制養殖用水質量通常采用取攔網和沉淀兩種方法。攔網：在水源進水口設置竹箔或網片制成的柵欄，防止敵害生物、漂浮物和懸浮物進入；幼體孵化用水，在柵欄內側再加篩網，篩網材料為尼龍篩絹，網目大小視用途而定；工廠化養殖的廢水先要篩網篩除糞便、殘剩飼料和懸浮物。沉淀：在養殖區進水口設置沉淀池，利用沉降和上浮作用，把懸浮物從水中分離出來。尤其是養殖面積大、水源渾濁的水體，在進水處設置沉淀池，并在池中種植水草。

　　2、清淤消毒。放養前徹底清淤、消毒、曝曬，將硫化氫、氨氣待有害物質轉化為有益物質，改善水質和底質。

　　3、生態養殖。大面積蝦蟹養殖水體中移植苦草、菹草、伊樂藻等水生植物，為蝦蟹提供植物性飼料和棲息環境，促進蛻殼，調節水質。根據環境和水體交換條件、養殖品種、苗種規格、養殖方式等合理放養，調整養殖結構。

　　4、投飼方式。投飼方式由人工投喂青綠飼料等植物性飼料，向顆粒化、自動化發展、向水體中投入100公斤松散飼料，損失量23.4～27公斤，這部分飼料加大了水體溫表污染。投喂顆粒可減少飼料損失和水質污染。

　　5、生物抑菌。利用水中微生物將有機污染物氧化分解，使水質凈化，多用于工廠化養殖。向水體投放EM菌等微生物，將水體和底質中的有機物、氨氮、亞硝態氮轉化為有益物質，抑制有害細菌生長，防止疾病發生。