中國水產門戶網報道    所有微生物制劑的作用主要是通過有效調控水質或水體微生態環境，從而防止水產動物疾病的發生，有的種類也可參與動物體內微生態的調節。主要應用有以下幾方面：   

    1、凈化水質、消除有機物：養成期的養殖水體內會殘留大量殘餌、糞便、動植物尸體等有機物，它們在厭氧菌的作用下分解產生氨、硫化氫等有毒無機物，危害水產動物的生長。微生物水質凈化劑在微生物代謝過程中具有氣化、氨化、硝化、反硝化、解磷和固氮等作用，能將無機物質分解為二氧化碳、硝酸鹽等無毒物質，最終被水體中的微藻利用，起到凈水質的作用，目前常用的水質凈化劑有芽孢桿菌、復合芽孢桿菌。        

    2、改良底質的作用：池底的剩余有機物在低溶氧的狀態下分解產生氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫等有毒物質，我們在養殖過程中常用硫化氫氧化細菌分解氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫等有害物質，進而改良養殖池的底部環境。                      

    3、參與水生動物腸道微生態調節：通過競爭作用，調節宿主體內菌群結構，抑制有害菌的生長，減少和預防疾病的發生。有益菌進入水生動物體內后，在動物腸道內分解產生生物酶和有益菌群，與致病菌爭奪生存空間，定居部位及營養素等。

    4、防止水生動物體內有毒物質的積累：水生動物機體在受到某些刺激而產生應激反應時，會導致腸道內的微生態環境失調，如腸道內需氧菌增加并使蛋白質分解產生胺、氨等有毒物質，從而使水生動物表現出病理狀態。乳酸菌、鏈球菌、芽孢桿菌等可以阻止毒性胺和氨的合成。多數好氧菌產生超氧化物歧化酶（SOD），可幫助水生動物消除氧自由基。有些芽孢桿菌可在水生動物腸道內產生氨基酸化酶及分解硫化物的酶類，從而分解因飼料不妥善管理而帶來的黃曲霉菌，減少對蝦生長緩慢和食物中毒現象。

    5、提高水生動物機體免疫力：能起到機體免疫激活劑的作用，能刺激水生動物產生干擾素，提高免疫球蛋白濃度和巨噬細胞的活性，通過非特異性免疫調節因子激發機體免疫力的增強。水生動物口服益生菌后，調節腸道內菌群結構，使腸道內的微生態平衡加以改善，活化腸粘膜內的相關淋巴組織，使自身抗體分泌增強，提高免疫識別能力，并誘導淋巴細胞再循環而活化全身的免疫系統而增強機體免疫力。                                                                
    6、促進水生動物生長：微生物制劑對養殖水生動物的生長有一定的促進作用。
    ①作為飼料添加劑的微生態制劑，其菌體含有大量的營養物質，如蛋白質、礦物質和維生素等，為養殖動物補充營養。光合細菌的粗蛋白質含量高達65%，富含B族維生素、泛酸、生物素、葉酸、類胡蘿卜素、鈣、磷和多種微量元素及輔酶等。
    ② 一些微生物在發酵或代謝過程中產生促生長類活性物質、產生酶類并提高水生動物體內消化酶的活性，有助于水生動物對食物的消化和吸收，促進其生長和發育。